ここで言う特殊な敵とは、死神、ダンジョンヒーローX、ミニテンダーです。
あとは、ストーリーで遭遇しない風のドラゴン、プリン系も少し特殊ですね。

死神は同じフロアに長くいると出てくる敵で、すべての状態異常が効きません。
１ターンに２回行動し、攻撃は最大HPの５分の１のダメージを与えてきます。
バリアなどは一切効果がありません。

この敵を仲間にするには、エレメント系を盾にして戦う方法がおすすめです。

必要な物は、体力が６００超えるくらいまで育ったすっぴんレベル８チョコボと
ヘイストの薬を数個と大量のポーション系とエーテルドライです。
（事故防止で不死鳥の羽を持っていくのもあり）
ツメとクラは意味がないので必要ありません。

死神が出たら、まず薬でヘイストをかけ、ギリギリまでチョコボのHPを削ってもらいます。
そしてエレメントと入れ替わり、盾になってもらいます。

エレメントが死なないようにポーションを投げつつ、チョコボは？？？を連打します。
（５００以上ダメージが出ていればOK）

あとは適宜ヘイストをかけつつ、推定１万ある死神のHPを削りきれば仲間にできます。

クリア後に出現するチョコボの像のダンジョン「チョコボの記憶」をクリアすると
ヒーローXから手紙が届き、教会で「ダンジョンオブヒーロー」に挑戦できるようになります。

このダンジョンを５回クリアしてBPを集めれば、ダンジョンヒーローXを仲間にできます。

デュエルルームにたまに出てくるミニテンダーですが
これは１度倒せばあとは他のサボテンダー系のBPで仲間になります。

クリア後の稼ぎの極意ダンジョンでサボテンダーを倒しているうちに
ミニテンダーも自然と仲間になります。

ストーリーではこの属性のドラゴンやプリンと出会うことはありません。
これらの敵は全印を作った時に手紙が来て行けるシックスエレメンツか
変化後の底なしの欲望でしか出てきません。